Las personas celiacas que acaban de ser diagnosticadas suelen presentar deficiencias de nutrientes porque, a causa del daño ocasionado en las vellosidades intestinales, se ha producido una malabsorción. Recordemos que la mayoría de nutrientes se absorben en el intestino delgado, el cual resulta dañado por el gluten debido a la enfermedad celiaca. Un estudio italiano publicado en 2010 en la publicación Nutrients, probó que en pacientes de reciente diagnóstico se daban deficiencias de hierro, calcio, magnesio, vitamina D, zinc, ácido fólico, niacina, vitamina B12 y riboflavina. Con menos frecuencia, los pacientes celiacos también pueden presentar déficits de vitaminas A, E y K, y de cobre. Los expertos estiman que más de la mitad de los recién diagnosticados tienen anemia por falta de hierro. La buena noticia es que, con una dieta sin gluten se mejoran estos déficits.
